RNA折叠能量景观

我们利用统计机械方法研究RNA折叠能量景观。我们首先通过表明，对于我们测试的仅具有二级结构的RNA分子，这种处理（i）预测的天然结构与Zuker方法大致相同，以及（ii）定性预测实验中观察到的熔解曲线峰和肩部，从而验证理论。然后我们预测热力学折叠中间体。对于一个发夹序列，解折叠是一个简单的解链过程。但对于另一个序列，解折叠更为复杂。它涉及多个稳定的中间体，并且在解折叠之前会重新合并成一个完全非天然构象。出现的原理是，尽管蛋白质折叠往往涉及具有高度协同的双态热力学转变，而没有可检测的中间体，但RNA二级结构的折叠可能涉及崎岖的景观，常常具有更复杂的中间状态.