ReFOLD3：基于预测局部质量和残基接触的逐步约束对3D蛋白质模型的优化

ReFOLD3在应用逐步约束方面是独特的，这些约束是根据局部模型质量估计和接触预测计算得出的，用于指导理论3D蛋白质模型朝向天然结构的优化。ReFOLD3通过使用迭代优化协议来修正错误的残基接触和局部错误，包括在提交的模型中通过我们领先的ModFOLD8模型质量评估方法识别的异常键和角度，从而实现了性能的提升。在优化后，通过ModFOLD8识别提交模型可能带来的改进，该方法产生全局和局部质量估计。在CASP14预测季节（2020年5月至8月），我们使用ReFOLD3协议优化了数百个3D模型，涵盖了优化和主要三级结构预测类别。我们的团队在优化类别中改善了众多起始模型的全局和局部质量评分，并在官方评估中排名前10。ReFOLD3协议还用于SARS-CoV-2靶标的优化，作为CASP Commons COVID-19倡议的一部分，我们提供了大量前10名模型。ReFOLD3网络服务器可在https://www.reading.ac.uk/bioinf/ReFOLD/免费获得。