一种用于自动定量分析枪击蛋白组学数据的相关算法

定量枪击蛋白组学分析采用ICAT等化学标签和稳定同位素的代谢标记策略进行。定量“枪击”蛋白组学数据的快速高通量生产需要开发软件，将质谱衍生的肽数据自动转换为相对蛋白丰度。我们描述了一款名为RelEx的计算机程序，该程序使用最小二乘回归计算质谱衍生离子色谱图中的肽离子电流比。RelEx能够容忍低信噪比数据，并可以自动丢弃不可用的色谱图和异常比值。我们应用了简单的系统误差修正，使定量测量的准确度提高了32 +/- 4%。我们使用已知摩尔比的标记混合物验证了我们的自动化方法，并通过测量渗透压应力对酿酒酵母中蛋白表达的影响在实际样本中演示了该方法。