AmpliTaq ® DNA 聚合酶，FS 染料终止子测序：峰高度模式分析

Taq DNA 聚合酶中，位于 667 位点的苯丙氨酸被酪氨酸替代的变体 (Taq F667Y) 是一类新的 DNA 聚合酶，它们比野生型 Taq DNA 聚合酶更有效地结合链终止性二脱氧核苷酸三磷酸 (ddNTPs)。在使用 AmpliTaq DNA 聚合酶 FS (Taq-FS，Taq F667Y 家族的一员) 和染料标记引物进行循环测序期间，ddNTPs 的改进结合导致测序轨迹中几乎均匀的峰高度。然而，当在 Taq-FS 循环测序反应中使用染料标记的 ddNTPs 时，情况并非如此。虽然 Taq-FS 的染料终止子结合速率更高，但峰模式仍然高度可变，并且与野生型酶产生的不同。我们系统地检查了一对只有单个核苷酸变化的序列标记位点，以确定碱基变化如何影响由 Taq-FS 染料终止子化学产生的测序轨迹中相邻碱基的峰高度。在 64 个可能的 3 碱基窗口中，有 31 个 (48%) 的情况下，我们发现只需知道某个碱基 5' 端的一个或两个碱基就可以预测特定碱基的峰高度。我们还比较和对比了 Taq-FS 酶与之前已识别的野生型酶产生的峰模式。在局部序列背景中建立峰高度模式可以提高基因调用的准确性以及在使用 Taq-FS 染料终止子循环测序化学时对多态性/突变的识别。