使用Geocore预测18种肽的结构

我们描述了对Geocore的广泛测试，这是一种从头开始的肽折叠算法。我们研究了18种在蛋白质数据银行中有结构的短分子；链长可达31个单体。除了非常短的肽外，极为简单的能量函数足以区分真实的本征状态与为每种肽显式搜索的超过10^8个最低能量构象。在Geocore为每种氨基酸序列生成的几百个最佳构象中，发现了高度类似本征结构的情况。当离散的phi/psi选择数量增加时，预测结果有所改善。