肠道主转录因子CDX2控制伴随转录因子的镶嵌染色质接触

组织特异性基因表达需要对核小体的调节，使转录因子能够占据仅在特定组织中可接触的顺式元件。主转录因子控制细胞特异性基因并定义细胞身份，但尚不清楚它们是否具有调节细胞特异性染色质的特殊能力，以及这种能力是否可能是谱系决定与维持的基础。有一种普遍的观点认为，几种转录因子以组合形式促进染色质接触。家族蛋白CDX2通过未知机制指定胚胎肠上皮，并与成年肠道中的转录因子如HNF4A合作。我们研究了小鼠肠道中Cdx2或Hnf4a切除后的增强子染色质和基因表达。HNF4A的缺失没有影响CDX2结合或染色质，而CDX2的缺失显著改变了CDX2结合的增强子处的染色质，破坏了HNF4A的占据，并中断了邻近基因的表达。因此，CDX2维持转录允许的染色质，展示了对成年组织中增强子构型的强大和主导效应。类似的，细胞特异性染色质状态的层级控制可能是主转录因子的一个普遍特性。