全长DNA序列及详细分析：编码小鼠毒素和荚膜抗原的鼠疫耶尔森菌KIM5质粒

鼠疫耶尔森菌是引起鼠疫的病原体，携带至少三种对其完全毒力必需的质粒，其中两种是物种特异性的。其中一种特异于Y. pestis的质粒pMT1被认为促进深入组织侵袭，导致症状更急性发作和死亡。我们确定了Y. pestis KIM5 pMT1的整个核苷酸序列，并识别出了由这个100,990-bp分子编码的潜在开放阅读框（ORFs）。基于已知耶尔森菌基因的密码子使用情况、与数据库中已知蛋白的同源性以及潜在的核糖体结合位点，我们确定了115个我们认为可能在Y. pestis中编码多肽的潜在ORFs。这115个ORFs中有五个是之前被确定为生产经典毒力因子小鼠毒素（MT）和1号（F1）荚膜抗原必需的基因。编码MT和F1的pMT1区域周围被多个转座事件和噬菌体的残余物包围，表明这些毒力因子的水平基因转移。我们识别出七个可能与哺乳动物宿主或跳蚤媒介相互作用的新潜在毒力因子。在剩余的115个假定ORFs中，有43个未显示出与当前数据库中蛋白质的显著同源性。此外，DNA序列分析使我们能够确定pMT1的假定复制和分配区域。我们在pMT1中识别出一个2450-bp的单一区域，可能作为复制起始点，包括一个与RepFIB、RepHI1B以及P1和P7复制子类似的RepA样蛋白。质粒分配功能位于假定的复制起始点约36 kb处，且与parABS噬菌体P1和P7系统最为相似。Y. pestis pMT1编码的潜在基因与多种生物、质粒和噬菌体具有高度相似性。因此，我们对pMT1 DNA序列的分析强调了这种大型细菌毒力质粒的马赛克特性，并提供了其进化的启示。