激进氨基酸替换与保守氨基酸替换的比率受到突变与组成因素的影响，并可能不代表积极的达尔文选择

激进氨基酸替换与保守氨基酸替换的比率常用于推测积极的达尔文选择。该方法基于这样一个假设：激进替换比保守替换更有可能改善蛋白质的功能。因此，如果积极选择在蛋白质的进化中发挥了主要作用，人们会期望激进-保守比率超过中性下的期望。在这里，我们探讨与选择无关的因素（即转变-反转比率、密码子使用、遗传密码和氨基酸组成）影响激进-保守替换比率的可能性。所有研究过的因素都发现影响激进-保守替换比率。特别是，氨基酸组成和转变-反转比率被显示出具有最深远的影响。因为所有研究的因素与选择（积极或其他）没有关系，并且所有因素（单独或结合）都影响了应表示积极选择的度量，我们得出结论，基于激进-保守替换比率的选择推断应该谨慎对待。