八倍体草莓基因组选择的实验验证

基因组选择的主要目标是通过预测缺乏表型数据的个体表现，来提高复杂性状的遗传增益。本研究旨在通过实验评估基因组选择在草莓育种中的潜力，并确定其实施策略。在2013-2014年和2014-2015年共建立了四个无性系重复田间试验（两年中每年进行两次），共包含1628个个体。在每个试验中评估了五个具有中低遗传力的复杂产量和果实品质性状。使用Affymetrix Axiom IStraw90单核苷酸多态性芯片进行高密度基因分型，并选取了17 479个多态性标记进行分析。对比了多种方法，包括Genomic BLUP、Bayes B、Bayes C、Bayesian LASSO Regression、Bayesian Ridge Regression和Reproducing Kernel Hilbert Spaces。训练群体内的交叉验证所得数值高于跨试验的真实验证。对于真实验证，Bayes B平均展现出最高的预测能力和最高的选择效率，特别是对于遗传力最低的产量性状。使用Bayes B进行亲本选择的选择效率从平均单果重的74%到早期商品果产量的34%不等。提出了一种育种策略，其中高级选择试验被用作训练群体，并且基于预测的基因组育种值，基因组选择可以将一部分未测试亲本的育种周期从3年缩短至2年。