了解犬和马 H3N8 流感病毒的分歧进化与流行病学特征

跨物种病毒传播事件可能以流行病和大流行的形式引发严峻的公共卫生突发事件。动物中的一个例证是 H3N8 马流感病毒（EIV）的出现，该病毒在南美洲马群中暴发后，于 1963 年在美国佛罗里达州迈阿密首次被分离出来。21 世纪初，EIV 的美洲谱系分化为至今依然存在的两个“佛罗里达”进化支，而一种 EIV 在 1999 年左右传播至犬类，并产生了 H3N8 犬流感病毒（CIV），该病毒于 2004 年首次报道。在这里，我们对比了犬类 CIV 和马类 EIV，以揭示其宿主特异性进化，确定重大疫情之间的来源和关联，并深入探讨控制它们不同进化命运的因素。H3N8 CIV 仅在北美传播，在最初几年后受到地理限制，并于 2016 年灭绝。在两个 EIV 佛罗里达进化支中，进化支 1 传播广泛，且在美国与南美洲、欧洲及其他地区之间显示出频繁的跨区域传播，而进化支 2 在出现初期呈全球分布，但自 2018 年左右起仅在中亚检测到。这些病毒对人类的任何潜在人畜共患威胁只有在了解其自然史和进化的前提下才能予以确定。我们对这三个病毒谱系的比较分析揭示了截然不同的序列变异模式和速率，但在不同进化支之间具有相似的整体进化趋势，这为可能根除 H3N8 EIV 提出了流行病学干预策略。