在CRISPR-Cas9筛查中减轻对非靶向元素的毒性

汇集的CRISPR-Cas9筛查是一种强大的方法，用于功能性表征非编码基因组中的调控元件，但这些实验中的非靶向效应尚未系统评估。在这里，我们研究了Cas9、dCas9和CRISPRi/a在筛查中对必需调控元件的非靶向活性。在K562细胞中，具有最大效应的针对必需CTCF环锚的基因组规模筛查的sgRNAs，并不是破坏靠近靶向CTCF锚的基因表达的单一引导RNA（sgRNA）。相反，这些sgRNAs具有较高的非靶向活性，尽管与绝对非靶向位点数量的相关性较弱，但可以根据最近开发的GuideScan特异性评分进行预测。与CRISPRi/a平行进行的筛查并未诱发双链DNA断裂，揭示了一套独特的非靶向位点也会对这些表观基因组编辑工具造成强烈的混淆适应性效应。值得一提的是，通过使用GuideScan特异性评分对CRISPRi文库进行过滤，去除了这些混淆的sgRNAs，并使必需调控元件的识别成为可能。