共享环境复杂化了利用菌株解析宏基因组推断微生物组传播

背景：在人体和其他社会动物中，社交伙伴的微生物组比随机情况下更为相似，这表明社交接触会转移微生物。然而，仅基于组成数据识别社交微生物传播可能会很困难。为克服这一挑战，最近的研究利用关于微生物菌株共享的信息（即共享的高度相似微生物序列的存在）来推断传播。然而，菌株共享在多大程度上受到社交伙伴之间共享特征和环境的影响，而非传播本身，尚不清楚。结果：在这里，我们首先使用粪便微生物移植数据集展示，在理想条件下（当供体-接受者对不模糊且接受者在传播后不久被采样时），菌株共享可以重现真实的传播网络。相反，在野生狒狒种群的肠道宏基因组中，我们发现人口和环境因素可以掩盖社交伙伴之间的菌株共享信号。结论：我们的结论是，菌株水平的分析提供了关于微生物组相似性的有用信息，但研究设计的其他方面，尤其是纵向采样和对宿主特征的仔细考虑，对推断菌株共享的基本机制和解析真实的社交传播网络至关重要。视频摘要。