PCR试剂中污染微生物DNA的鉴定与去除：对低生物量微生物组分析的影响

来自试剂的污染可能会损害微生物组数据的完整性，尤其是在低微生物生物量样本中。近来这种污染被归因于“试剂盒组（kitome）”（由DNA提取试剂盒引入的污染），而在此之前，人们的注意力主要集中在PCR试剂引入的潜在污染上。在本研究中，我们评估了DNA提取试剂盒和PCR master mix在16S rRNA基因测序生成的细菌微生物谱中引入污染微生物DNA的比例。利用商业化dsDNase处理方案对PCR master mix进行去污染处理，我们证实绝大多数污染DNA来源于PCR master mix。重要的是，通过简单的dsDNase处理几乎完全消除了这种污染，使污染细菌的reads减少了99%。我们建议应将PCR试剂的dsDNase处理探索为一种简单有效的方法，用于减少低生物量微生物组研究中的污染，并产生更稳健、更可靠的数据。研究的意义与影响：微生物DNA的试剂污染是低微生物生物量样本微生物组研究中的一个主要问题。此类污染DNA的水平往往超过样本中实际存在的水平，并严重干扰后续的数据分析。先前的研究表明，这种污染主要来源于DNA提取试剂盒。在此，我们将PCR master mix确定为主要污染源，并表明通过酶解去除污染可显著降低空白信号并提高精确度。PCR master mix的去污染处理可能具有提高低生物量微生物组研究灵敏度和准确性的潜力。