使用 SQANTI-reads 对多样本 lrRNA-seq 实验中的长读段数据进行质量评估

SQANTI-reads 利用转录本模型质量分析工具 SQANTI3，为具有重复的长读段 RNA-seq 实验开发了一个读段水平的质量控制框架。SQANTI3 结构类别中读段的数量和分布，以及独特连接链（转录本剪接模式）的数量和分布，可提供有关原始数据质量的信息。通过实验设计因素展示 QC 指标的多样本可视化，以识别异常值。我们引入了新指标，用于 (1) 鉴定潜在注释不足的基因和推定的新转录本，以及 (2) 量化剪接供体和受体的变异。我们将 SQANTI-reads 应用于两个不同的数据集，即一个 Drosophila 发育实验和一个来自 LRGASP 项目的多平台数据集，并证明该工具能有效揭示读段覆盖度对数据质量的影响，并能轻松识别强剪接位点和弱剪接位点。