从长读测序数据中识别mRNA转录起始和结束的挑战

长读测序（LRS）技术有潜力通过全面识别和定量全长mRNA亚型，从而彻底改变RNA生物学中的科学发现。尽管前景广阔，但在LRS技术广泛应用于RNA基础应用方面仍面临挑战，包括低覆盖率、高测序错误和可靠的计算管道等问题。尽管人们对使用LRS数据定义mRNA外显子组成和结构的关注很大，但对评估亚型的末端，特别是转录起始和结束位点的能力的仔细表征相对较少。这样的表征对于完全描述全mRNA分子和调控后果至关重要。然而，在跨越基因的LRS读取中，起始和结束坐标存在显著不一致，因此LRS读取往往无法准确再现注释或经验推导的mRNA分子的终端。本文描述了使用LRS技术识别和定量mRNA终端的特定挑战，以及这些问题如何影响对LRS数据的生物学解释。然后，我们回顾了旨在缓解这些问题的最新实验和计算进展，并为每种方法提供理想的应用案例。最后，我们概述了从LRS数据中表征终端的预期进展和必要改进。