HIV-1转录活性单细胞分析揭示ART期间扩展克隆中前病毒的表达

关于人类免疫缺陷病毒1型（HIV-1）前病毒在体内表达未剪接病毒RNA的比例，或单个感染细胞内HIV RNA表达水平知之甚少。我们开发了一种敏感的细胞相关HIV RNA和DNA单基因组测序（CARD-SGS）方法，以研究HIV RNA的前病毒表达（p6、蛋白酶和逆转录酶的1.3-kb片段）以及来自病毒血症个体或长期抑制抗逆转录病毒治疗（ART）个体的单个HIV感染细胞中的HIV RNA水平。加标实验表明，CARD-SGS方法可以检测到表达HIV RNA的单个细胞。在来自四名HIV感染供体（其中一名有病毒血症且未接受ART，三名病毒血症在ART下被抑制）的六个样本中对血液单核细胞应用CARD-SGS，发现平均有7%的前病毒（范围：2-18%）表达HIV RNA。表达水平从每个细胞1到62个HIV RNA分子不等（中位数为1）。CARD-SGS还揭示了在多个单细胞和多个时间点上，在接受抑制ART的供体中，存在相同HIV RNA序列的频繁表达，这与感染细胞克隆中HIV RNA的组成性表达一致。缺陷前病毒的HIV RNA表达水平与没有明显缺陷的前病毒相似。CARD-SGS是一个有用的工具，用于表征在ART持续存在的单个感染细胞中的前病毒表达比例，并评估实验干预对前病毒种群及其表达的影响.