玉米和拟南芥中SET结构域蛋白的比较分析揭示了在单子叶植物和双子叶植物分化之前发生的多次重复

组蛋白在染色质包装中发挥核心作用，组蛋白的修饰与染色质的可及性相关。SET结构域Su(var)3-9、增强子Zeste、Trithorax蛋白是被认为通过组蛋白甲基化调节基因表达的一类蛋白。通过系统发育分析和结构域组织评估来自玉米（Zea mays）的22种SET结构域蛋白和来自拟南芥的32种SET结构域蛋白的关系。我们的分析揭示了植物中五类SET结构域蛋白，可以进一步细分为19个直系同源组。在某些情况下，例如增强子Zeste样和Trithorax样蛋白，植物和动物含有同源蛋白，且在SET结构域外有着相似的结构域组织。然而，大多数植物SET结构域蛋白没有具有相似结构域组织的动物同源物，表明植物有独特的机制来建立和维持染色质状态。尽管植物和动物的SET结构域蛋白中存在的结构域通常不同，但植物蛋白中的结构域一般与蛋白质-蛋白质相互作用相关，表明大多数SET结构域蛋白在复合物中运作。对玉米和拟南芥SET结构域蛋白的组合分析揭示，在植物中SET结构域蛋白的重复是广泛的，并且通过多种机制发生，这些机制在单子叶植物和双子叶植物分化之前就已存在。