哺乳动物NET-Seq揭示了与RNA处理相关的全基因组新生转录

转录是一个高度动态的过程。因此，我们开发了哺乳动物染色质的原生延伸转录测序技术（mNET-seq），可以生成单核苷酸分辨率的新生转录轮廓。在RNA聚合酶II（Pol II）的活性位点检测到新生RNA，以及相关的RNA处理中间体。特别地，我们检测到5'剪接位点的切割，显示被剪接的上游外显子转录本与Ser5位点磷酸化的Pol II CTD相关联，这些转录本在下游外显子上累积。此外，终止因子的耗竭显著减少了Pol II在基因末端的暂停，导致终止缺陷。值得注意的是，终止因子通过限制以Pol II CTD S2P特异性的方式非生产性RNA合成，发挥附加的启动子作用。我们的结果表明，针对酵母转录建立的CTD磷酸化模式在哺乳动物中显著不同。综上所述，mNET-seq提供了哺乳动物转录背后复杂事件的动态和详细快照。