鸡基因组的重复景观

基于Cot的克隆和测序（CBCS）是一种强大的工具，用于分离和表征任何基因组中各种重复成分，它结合了DNA重组动力学的已建立原理与高通量测序。CBCS用于生成代表鸡基因组高拷贝、中拷贝和低拷贝分数的序列库。对鸡高拷贝DNA进行大约2.7倍覆盖其估计序列复杂性的测序，初步识别了几个新的重复家族，这些家族随后用于调查新发布的完整鸡基因组的第一草图。分析提供了对已知重复结构（如CR1和CNM）多样性和生物学的深入了解，而之前只有有限的序列数据可用。Cot序列数据还导致了四个新重复（Birddawg、Hitchcock、Kronos和Soprano）的识别，两个新的CR1重复亚家族，以及许多在鸡基因组组装中缺失的元素。除了非自主缺失衍生物外，还发现了一种新型的类Mariner转座子Galluhop的多个自主元素。对高拷贝重复CR1、Galluhop和Birddawg的系统发育分析提供了对两种不同基因组扩散策略的洞察。本研究还示范了CBCS方法在为只有有限序列数据的基因组的重复分数创建代表性数据库中的强大能力。