一种基于似然的方法用于检测选择与重组在核苷酸序列中的作用

核苷酸序列的不同区域通常受到不同的进化力量。重组将导致区域具有不同的进化历史，而选择可能导致区域以不同的速度进化。本文提出了一种基于似然的统计方法，通过识别与整个序列上单一系统发育拓扑和核苷酸替代过程不一致的区域来检测这些过程。随后可能对这些异常区域进行重新分析。该方法通过模拟进行了测试，并以灵长类动物psi eta-球蛋白拟基因、HIV-1包膜基因的V3区域以及来自奈瑟氏菌的argF序列为例进行了应用。对异常区域的重新分析显示可能在HIV-1中存在免疫选择和在奈瑟氏菌中的重组。实现该方法的计算机程序已可用。