使用全基因组序列数据推断病毒体的系统发育

评估了基于全基因组序列数据的几种系统发育方法，使用了来自九个完整病毒体基因组的数据。评估了三个独立特征集的效用。第一个数据集包含这类病毒共有的63个基因的序列。第二组特征基于基因顺序，利用断点距离分析和这里开发的一种新方法——邻居配对分析推断系统发育。第三组记录基因内容，通过记录每个基因组中基因的存在或缺失来评分。所有三个数据集都得出了支持核多角体病毒（NPV）和颗粒病毒（GV）属分开的系统发育树，将NPV分为I和II组，并显示了I组NPV内部的物种关系。基于所有63个共享基因的组合序列生成的系统发育树被证明是解决II组NPV与GV之间关系的最有效方法。通过将基因内容数据映射到系统发育树上，可视化伴随病毒体多样化的基因获取和丧失的历史。这项分析突出了病毒体基因组的流动性，显示出它们在进化过程中频繁发生基因组重排和多次基因内容变化的证据。在分析的基因组中识别的416个基因中，只有63个在所有九个基因组中存在，200个基因仅在单一基因组中发现。尽管存在这种流动性，我们描述的基于全基因组的方法仍然足够强大，可以恢复这些病毒的基本系统发育。