亚纲Halimedineae的16个叶绿体基因组中的密码子使用模式比较分析

Halimedineae是海洋绿色大型藻类，在包括珊瑚礁、岩石海岸、海湾、潟湖和海草床等多种栖息地中作为初级生产者发挥着至关重要的作用。几种热带物种具有钙化的菌体，显著促进了珊瑚礁的形成。在本研究中，我们调查了16个Halimedineae亚纲的叶绿体基因组中的密码子使用模式及影响密码子使用偏倚的主要因素。核苷酸组成分析显示，这些物种的密码子以A/U碱基为主，且倾向于以A/U碱基结束，GC含量的分布遵循GC1 > GC2 > GC3的趋势。鉴定出了编码17种氨基酸的30种最佳密码子，其中大多数最佳密码子和所有过表达密码子倾向于以A/U结尾。中性图、密码子有效数（ENc）图和偶数法则2（PR2）图分析表明，自然选择在塑造大多数Halimedineae物种的密码子使用偏倚中发挥了主要作用。基于其RSCU值和叶绿体蛋白编码基因的遗传关系显示，亲缘关系较近的物种具有相似的密码子使用模式。本研究首次描述了Halimedineae叶绿体基因组的密码子使用模式及其特征，为该亚纲的进化提供了新的见解。