从无症状或有症状感染中分离的人轮状病毒第四基因序列

采用双脱氧链终止法测定了血清型 1、2、3 或 4 的有症状（Wa、DS-1、P 和 VA70）及无症状（M37、1076、McN13 和 ST3）轮状病毒第四基因的完整核苷酸序列。在每个毒株中，编码外衣壳蛋白 VP3 的第四基因长度均为 2,359 个碱基对，其 5' 和 3' 非编码区分别由 9 个和 25 个核苷酸组成。该基因包含一个长达 2,325 个碱基对的单一开放阅读框，能够编码一个由 775 个氨基酸组成的蛋白质。在已测序的 9 个人轮状病毒 VP3 基因中，共有 14 个 N 端氨基酸和 12 个 C 端氨基酸分别呈现完全保守或几乎完全保守。此外，两个胰蛋白酶裂解位点处的精氨酸保持保守，且两种 VP3 裂解产物 VP8 和 VP5 的不同区域中的氨基酸簇也具有保守性。在所分析的 9 个人轮状病毒株中鉴定出三种不同形式的 VP3。三种有症状轮状病毒（血清型 1、3 和 4）具有高度相关的 VP3 基因（核苷酸同一性为 92.2% 至 97%）。两种有症状血清型 2 轮状病毒的 VP3 基因彼此之间的亲缘关系更为密切（核苷酸同一性为 98.6%），而与前述血清型 1、3 和 4 的 VP3 基因仅呈中度相关（核苷酸同一性为 87.4% 至 88.2%）。构成第三组的四种无症状轮状病毒具有高度相关的 VP3 基因（核苷酸同一性为 95.5% 至 97.5%），这与强毒力轮状病毒的基因明显不同（核苷酸同一性为 73% 至 74.8%）。在 VP3 蛋白序列的 91 个位置上，无症状轮状病毒之间保守存在同一种氨基酸，而有症状轮状病毒之间则保守存在另一种不同的氨基酸。值得注意的是，有五个区域在有症状轮状病毒中保守，而无症状轮状病毒中则保守存在另一组不同的序列。这些序列二态性区域的部分或全部可能是导致这两组人轮状病毒毒力差异的原因。VP3 蛋白序列中有 13 个区域表现出最大的变异性；这些可变区大部分见于第 106 至 192 位氨基酸之间。这些区域可能代表与异型轮状病毒中和相关的潜在抗原位点。