全基因组分析揭示与鸡对热带和寒冷环境适应相关的新基因

引言：研究历史温度选择的遗传足迹可以洞察局部适应及气候变化对长期种群动态的可行影响。目标：鸡是一种重要的研究遗传适应的物种，因为它与人为活动相关的驯化轨迹非常相似，且品种多样性最大。然而，少有研究展示其对自然热带和寒冷环境适应的遗传特征。方法：在这里，我们生成了119只中国 domesticated chickens的全基因组重测序，包括以下按繁殖环境温度从更热带到更寒冷的品种：文昌鸡（WCC）、绿壳鸡（GSC）、藏鸡（TBC）和临电鸡（LDC）。结果：我们的结果显示，WCC的分支早于LDC，WCC与LDC之间存在显著的遗传混合，表明它们之间有更密切的遗传关系。此外，比较基因组分析表明溶质载体家族33成员1（SLC33A1）和甲状腺刺激激素受体（TSHR）基因在更热带的WCC基因组中表现出更强的正选择特征。此外，约3000个非洲地方生态型的基因型数据确认这两个基因中的单核苷酸多态性（SNP）的等位基因频率与热带环境适应显著相关。此外，NADH:泛醇氧化还原酶亚基S4（NDUFS4）基因在LDC基因组中表现出强烈的正选择特征，而具有显著等位基因频率差异的SNP表明与寒冷环境适应存在显著关系。结论：我们的研究结果部分阐明了环境温度压力的选择足迹如何导致家禽在热带和寒冷环境中的有利基因组适应，并为鸡的选择育种提供了宝贵的资源。