Die MEROPS-Datenbank für proteolytische Enzyme, ihre Substrate und Hemmstoffe im Jahr 2017 und ein Vergleich mit Peptidasen in der PANTHER-Datenbank

Die MEROPS-Datenbank (http://www.ebi.ac.uk/merops/) ist eine integrierte Informationsquelle über Peptidasen, ihre Substrate und Hemmstoffe. Die hierarchische Klassifikation ist: Protein-Spezies, Familie, Stamm, mit einem Identifikator auf jeder Ebene. Die MEROPS-Website wurde 2017 zum EMBL-EBI verschoben, was eine Umstrukturierung des Codes und der bereitgestellten Dienste erforderlich machte. Die Schnittstelle zur Sequenzsuche hat sich geändert und die MEROPS-Proteinsequenzbibliotheken können am EMBL-EBI mit HMMER, FastA und BLASTP durchsucht werden. Querverweise wurden zwischen MEROPS und der PANTHER-Datenbank sowohl auf Familie- als auch auf Protein-Spezies-Ebene etabliert, was helfen wird, die Kuratierung und Abdeckung zwischen den Ressourcen zu verbessern. Aufgrund der zunehmenden Größe der MEROPS-Sequenzsammlung werden in Zukunft nur Sequenzen charakterisierter Proteine und aus vollständig sequenzierten Genomen von Organismen mit evolutionärer, medizinischer oder kommerzieller Bedeutung hinzugefügt. Beispielsweise wurden Peptidase-Homologe in vier Proteomen des Asgard-Superphylum der Archaeen identifiziert und mit anderen archaischen, bakteriellen und eukaryotischen Proteomen verglichen. Dies hat Einblicke in die Ursprünge und die Evolution von Peptidase-Familien gegeben, einschließlich einer Expansion der Anzahl von Proteasom-Komponenten in Asgard-Archaeoten, während die Organismen anKomplexität zunehmen. Neuartige Strukturen für Proteasom-Komplexe in Archaeen werden postuliert.