Korrekturen für multiple Tests in der quantitativen Proteomik: Ein nützliches, aber grobes Werkzeug

Korrekturen für multiple Tests sind ein nützliches Werkzeug zur Einschränkung der Falschentdeckungsrate (FDR), können jedoch im Kontext niedriger Power grob sein, wie wir durch eine Reihe einfacher Simulationen zeigen. Leider kann in Proteomik-Experimenten eine niedrige Power häufig auftreten, bedingt durch spezifische Probleme der Proteomik wie kleine Effekte aufgrund von Verhältniskompression und wenige Replikate aufgrund der hohen Reagenzkosten, der Verfügbarkeit von Instrumentenzeit und anderen Faktoren; in solchen Situationen werden die meisten Methoden zur Korrektur multipler Tests, wenn sie mit herkömmlichen Schwellenwerten verwendet werden, keine echten Positiven entdecken, auch wenn viele vorhanden sind. In dieser Situation mit niedriger Power und mittlerem Maßstab können andere Methoden, wie Überlegungen zur Effektgröße oder Berechnungen auf Peptid-Ebene, eine effektivere Option sein, selbst wenn sie nicht dasselbe theoretische Garantie für eine niedrige FDR bieten. Daher zielen wir darauf ab, in diesem Artikel hervorzuheben, dass die Proteomik einige spezifische Herausforderungen für die Standardmethoden zur Korrektur multipler Tests darstellt, die als nützliches Werkzeug eingesetzt werden sollten, aber nicht als erforderlicher Gummistempel betrachtet werden sollten.