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Die Homologiesuche ist eine der am weitesten verbreiteten bioinformatischen Aufgaben, jedoch ist unbekannt, wie effektiv die derzeit verfügbaren Werkzeuge zur Identifizierung von nicht-kodierenden RNAs (ncRNAs) sind. In dieser Arbeit verwenden wir zuverlässige ncRNA-Datensätze, um die Effektivität von Methoden wie BLAST, FASTA, HMMer und Infernal zu bewerten. Überraschenderweise sind die beliebtesten Homologiesuchmethoden oft die ungenauesten. Infolgedessen haben viele Studien ungeeignete Werkzeuge für ihre Analysen verwendet. Basierend auf unseren Ergebnissen schlagen wir Strategien zur Homologiesuche vor, die die derzeit verfügbaren Werkzeuge nutzen, sowie einige Richtungen für die zukünftige Entwicklung.
Freyhult et al. (Mittwoch) haben diese Frage untersucht.