Eine globale Sicht auf die Genaktivität und alternatives Splicing durch Deep Sequencing des menschlichen Transkriptoms

Die funktionale Komplexität des menschlichen Transkriptoms ist noch nicht vollständig aufgeklärt. Wir berichten über eine Hochdurchsatz-Sequenzierung des menschlichen Transkriptoms aus einer humanen embryonalen Niere und einer B-Zell-Linie. Wir verwendeten Shotgun-Sequenzierung von Transkripten, um zufällig verteilte Reads zu generieren. Davon mappten 50 % auf einzigartige genomische Standorte, von denen 80 % bekannten Exonen entsprachen. Wir fanden heraus, dass 66 % des polyadenylierten Transkriptoms auf bekannte Gene und 34 % auf nicht annotierte genomische Regionen abgebildet wurden. Auf der Grundlage bekannter Transkripte kann RNA-Seq 25 % mehr Gene nachweisen als Mikromatrizen. Eine globale Untersuchung von mRNA-Splitting-Ereignissen identifizierte 94.241 Spleißstellen (4096, die zuvor nicht identifiziert wurden) und zeigte, dass Exon-Skippen die verbreitetste Form des alternativen Splicings ist.