Eine globale Sicht auf die Genaktivität und alternatives Spleißen durch Tiefensequenzierung des menschlichen Transkriptoms

Die funktionale Komplexität des menschlichen Transkriptoms ist noch nicht vollständig aufgeklärt. Wir berichten über eine Hochdurchsatzsequenzierung des menschlichen Transkriptoms aus einer menschlichen embryonalen Niere und einer B-Zell-Linie. Wir verwendeten Shotgun-Sequenzierung von Transkripten, um zufällig verteilte Reads zu generieren. Davon erreichten 50 % einzigartige genomische Standorte, von denen 80 % bekannten Exons entsprachen. Wir fanden heraus, dass 66 % des polyadenylierten Transkriptoms den bekannten Genen und 34 % nicht annotierten genomischen Regionen zugeordnet werden konnten. Basierend auf bekannten Transkripten kann RNA-Seq 25 % mehr Gene nachweisen als Mikromatrizen. Eine globale Untersuchung von mRNA-Spleißereignissen identifizierte 94.241 Spleißstellen (4096 davon waren zuvor nicht identifiziert) und zeigte, dass Exon-Skipping die häufigste Form des alternativen Spleißens ist.