Maus-Aggrecan, ein großes Knorpel-Proteoglykan: Proteinsequenz, Genstruktur und Promotorsequenz

Sieben genomische Klone für das Maus-Aggrecan-Kernprotein wurden isoliert, einschließlich 3 kb von 5'- und 7 kb von 3'-flankierenden Sequenzen. Alle Exon-Sequenzen und deren Intron-Grenzsequenzen in diesen Klonen wurden durch DNA-Sequenzierung identifiziert und kartiert. Das Gen erstreckt sich über mindestens 61 kb und enthält 18 Exons. Exon 1 kodiert eine 5'-unveränderte Sequenz und Exon 2 enthält ein Startcodon für die Translation, Methionin. Die kodierende Sequenz beträgt 6545 bp für ein 2132-Aminosäure-Protein mit berechnetem M(r) = 259.131, einschließlich eines 18-Aminosäure-Signalpeptids. Es gibt eine starke Korrelation zwischen strukturellen Domänen und Exons. Bemerkenswert ist, dass die Chondroitin-Schwefelsäure-Domäne, die aus 1161 Aminosäuren besteht, durch ein einzelnes Exon von 3,6 kb kodiert wird. Obwohl das Link-Protein ähnliche strukturelle Domänen und Subdomänen aufweist, zeigten die Sequenzidentität und die Organisation der Exons, die die Subdomänen B und B' der G1- und G2-Domänen kodieren, eine starke Ähnlichkeit von Maus-Aggrecan sowohl zu menschlichem Versican als auch zu Ratten-Neurocan. Eine Primerverlängerungsanalyse identifizierte vier Transkriptionsstartorte, die nahe beieinander liegen. Die Promotorsequenz zeigte hohen G/C-Gehalt (65%) und enthielt mehrere konsensuale Bindemotive für Transkriptionsfaktoren, einschließlich Sp-1 und dem Glukokortikoidrezeptor. Es gibt Sequenzabschnitte, die der Promotorregion sowohl des Typs-II-Kollagen- als auch des Link-Protein-Gens ähnlich sind. Diese Sequenzen könnten wichtig für die Genexpression von Knorpel sein.