Los avances en la deconvolución de células mixtas permiten la cuantificación de tipos celulares en datos de transcriptómica espacial

La cartografía de tipos celulares a través de un tejido es una preocupación central de la biología espacial, pero la abundancia de tipos celulares es difícil de extraer de los datos de expresión génica espacial. Introducimos SpatialDecon, un algoritmo para cuantificar poblaciones celulares definidas por secuenciación de células individuales dentro de las regiones de estudios de expresión génica espacial. SpatialDecon incorpora varios avances en la deconvolución de expresión génica. Proponemos un algoritmo que aprovecha la regresión log-normal y el modelado del fondo, superando a los métodos clásicos de mínimos cuadrados. Compilamos matrices de perfiles celulares para 75 tipos de tejidos. Identificamos genes cuya expresión mínima por células cancerosas los hace adecuados para la deconvolución inmunológica en tumores. Usando tumores pulmonares, creamos un conjunto de datos para evaluar métodos de deconvolución en comparación con proteínas marcadoras. SpatialDecon es una herramienta simple y flexible para mapear tipos celulares en estudios de expresión génica espacial. Obtiene estimaciones de abundancia celular que son espacialmente resueltas, granulares, y emparejadas con datos de expresión génica altamente multiplexados.