MEGA5 : Analyse génétique moléculaire évolutive utilisant les méthodes du maximum de vraisemblance, des distances évolutives et de la parcimonie maximale

L’analyse comparative des données de séquences moléculaires est essentielle pour reconstruire les histoires évolutives des espèces et pour déduire la nature et l’étendue des forces sélectives qui façonnent l’évolution des gènes et des espèces. Nous annonçons ici la sortie de Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 5 (MEGA5), un logiciel convivial pour l’exploration des bases de données en ligne, la construction d’alignements de séquences et d’arbres phylogénétiques, et l’utilisation des méthodes de bioinformatique évolutive en biologie fondamentale, biomédecine et évolution. La nouveauté principale de MEGA5 est une collection d’analyses par maximum de vraisemblance (ML) pour déduire des arbres évolutifs, sélectionner les modèles de substitution les mieux adaptés (nucléotidiques ou protéiques), inférer les états et séquences ancestraux (avec leurs probabilités), et estimer les taux évolutifs site par site. Dans des analyses par simulation informatique, les algorithmes d’inférence d’arbres ML de MEGA5 ont été comparés favorablement à d’autres logiciels en termes d’efficacité informatique et de précision des estimations des arbres phylogénétiques, des paramètres de substitution et de la variation des taux entre sites. L’interface utilisateur de MEGA a été améliorée pour être axée sur les activités afin de faciliter l’utilisation aussi bien par les débutants que par les scientifiques expérimentés. Cette version de MEGA est destinée à la plateforme Windows, et a été configurée pour une utilisation efficace sur les bureaux Mac OS X et Linux. Elle est disponible gratuitement à l’adresse http://www.megasoftware.net.