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La technologie PCR en temps réel utilisant des sondes d'oligonucléotides fluorescentes à double marquage permet une détermination sensible, spécifique et quantitative des cibles d'ARNm ou d'ADN. Historiquement, les sondes à double marquage ont été le réactif le plus coûteux en PCR en temps réel en raison des étapes de chromatographie liquide à haute performance (HPLC) et/ou de purification sur gel post-synthèse requises en raison des limitations de la chimie de synthèse traditionnelle. La récente disponibilité de réactifs de quenching permettant l'incorporation du quench 3' dans le cadre de la synthèse sur machine a présenté la possibilité que les sondes, lorsqu'elles sont soigneusement synthétisées, puissent être utilisées sans purification extensive post-synthèse. Cela réduirait substantiellement les coûts, rendant la synthèse de sondes fluorescentes à double marquage abordable pour tout laboratoire de synthèse d'ADN. Le groupe de recherche sur les acides nucléiques (NARG) de l'Association des installations de ressources biomoléculaires (ABRF) (Santa Fe, NM, USA) a testé l'hypothèse selon laquelle tout laboratoire de synthèse d'ADN est désormais capable de produire des sondes fluorescentes à double marquage de qualité adaptées aux PCR en temps réel sans besoin de purification post-synthèse. Des membres de la communauté de synthèse d'ADN ont synthétisé des sondes d'actine bêta humaine à double marquage et les ont soumises à une analyse de qualité et fonctionnelle. Nous avons constaté que les sondes ayant au moins 20 % de pureté avaient la même efficacité que celles proches de 100 % de pureté, mais la sensibilité du test diminuait à mesure que le niveau de pureté réduisait.
Yeung et al. (Sun,) ont étudié cette question.
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