Étude théorique de la contribution des chaînes latérales aromatiques à la dichroïsme circulaire de l'inhibiteur de trypsine pancréatique bovin basique.

La spectroscopie de dichroïsme circulaire (CD) est fréquemment utilisée pour déterminer la composition de la structure secondaire d'une protéine. Cependant, cela suppose que la région UV lointaine du spectre, qui est utilisée pour ces analyses, est uniquement due aux contributions de l'ossature polypeptidique. L'inhibiteur de trypsine pancréatique bovin basique (BPTI) possède un spectre CD UV lointain inhabituel, ce qui a rendu une telle analyse difficile. Une raison possible de la discordance est que d'autres chromophores, tels que les chaînes latérales aromatiques (quatre tyrosines, quatre phénylalanines), pourraient être responsables. Le spectre CD de BPTI a été calculé en utilisant une variation de la méthode matricielle. L'inclusion uniquement de l'ossature peptidique a donné un mauvais accord entre la théorie et l'expérience. Cela a été montré comme étant indépendant de la qualité du calcul effectué. L'inclusion subséquente des contributions de tyrosine a peu amélioré l'ajustement. Cependant, l'inclusion supplémentaire des chromophores de phénylalanine a fourni un bon ajustement entre le spectre UV lointain calculé et expérimental. Les contributions importantes proviennent du cluster d'acides aminés aromatiques formé par deux tyrosines (Tyr21 et Tyr23) et trois phénylalanines (Phe22, Phe4 et Phe45). La prise en compte des deux types de chaînes latérales et de l'ossature peptidique entière est essentielle pour produire une description précise de la courbe CD. Dans l'ensemble, ces résultats indiquent que les contributions des acides aminés aromatiques peuvent perturber de manière significative le spectre CD UV lointain d'une protéine, rendant l'analyse de sa structure secondaire difficile. Ceci est particulièrement vrai dans des systèmes comme le BPTI, avec de faibles quantités de structure alpha-hélicoïdale et des clusters d'acides aminés aromatiques.