FlyTF : annotation améliorée et fonctionnalités enrichies de la base de données des facteurs de transcription de Drosophila

FlyTF (http://www.flytf.org) est une base de données de facteurs de transcription (TF) site-spécifiques prédits par bio-informatique et/ou vérifiés expérimentalement chez la mouche du vinaigre Drosophila melanogaster. La classification manuelle des TF dans la version initiale de FlyTF, qui se concentrait principalement sur les caractéristiques de liaison à l'ADN des protéines, a désormais été étendue à une annotation plus fine des propriétés de liaison à l'ADN et de régulation dans la nouvelle version. De plus, les preuves expérimentales issues de la littérature ont été classées selon un vocabulaire défini et, en collaboration avec FlyBase, traduites en annotations Gene Ontology (GO). Bien que nos annotations GO soient également disponibles via FlyBase car elles seront intégrées dans l'annotation GO officielle des gènes à l'avenir, l'ensemble des preuves utilisées pour la classification, y compris les prédictions computationnelles et les citations de la littérature, est accessible via FlyTF. Le site web FlyTF s'appuie désormais sur le framework InterMine, qui fournit aux biologistes expérimentaux et computationnels de puissantes fonctionnalités de recherche et de filtrage, des outils de gestion de listes et un accès aux informations génomiques associées aux TF.