Analyse comparative des approches de séquençage ciblé en longues lectures pour la caractérisation du répertoire des récepteurs immunitaires d'une plante

CONTEXTE : Le séquenceur MinION™ d'Oxford Nanopore Technologies est un petit appareil portable et à faible coût, accessible aux laboratoires de toutes tailles et attrayant pour les expériences de séquençage sur le terrain. La sélection des cultures a conduit à une réduction de la diversité génétique, et les parents sauvages sont une source clé de nouvelle résistance génétique aux pathogènes, généralement via des gènes codant pour des récepteurs immunitaires NLR. Des études récentes ont démontré comment les répertoires de NLR des cultures peuvent être ciblés pour le séquençage sur Illumina ou PacBio (RenSeq) et comment le gène spécifique conférant une résistance aux pathogènes peut être identifié. RÉSULTATS : Les rendements des séquences par course MinION sont inférieurs à ceux d'Illumina, rendant le resequencement ciblé une approche efficace. Bien que MinION génère des longues lectures similaires à celles de PacBio, il ne produit pas les lectures consensuelles multipasses très précises, ce qui pose des défis en bioinformatique en aval. Ici, nous démontrons comment les données MinION peuvent être utilisées pour RenSeq, obtenant des résultats similaires à ceux de PacBio et comment de nouvelles fusions de gènes NLR peuvent être identifiées via un pipeline RenSeq Nanopore. CONCLUSION : Les méthodes de préparation de bibliothèques et de bioinformatique décrites devraient être applicables à d'autres familles de gènes ou à tout projet de séquençage de fragments d'ADN longs ciblés par nanopore.