Génomique comparative des souches de Limosilactobacillus pontis : variations et adaptations spécifiques au niche

Limosilactobacillus pontis (L. pontis) est une espèce de bactéries lactiques (LAB) que l'on trouve dans divers produits, notamment le lait fermenté, le levain et les tractus gastro-intestinaux des poulets de chair. Cependant, les stratégies évolutives et les caractéristiques génomiques de l'espèce restent inconnues, ce qui limite son application. Dans cette étude, un séquençage du génome complet a été réalisé pour examiner les caractéristiques génomiques et les stratégies évolutives de L. pontis, combiné à une approche de génomique comparative, fournissant la base théorique nécessaire à son application. Les séquences génomiques de cette étude comprenaient trois séquences génomiques publiées et deux souches isolées de lait fermenté dans notre laboratoire en Mongolie intérieure, Chine. La taille moyenne du génome des cinq souches de L. pontis était de 1,70 Mb, et la teneur moyenne en G + C de l'ADN était de 53,06 %. L. pontis était une espèce avec un contenu en G + C plus élevé chez les LAB. L'arbre évolutif phylogénétique pour les gènes de base a montré que les souches provenant des mêmes sources étaient regroupées dans un cluster. Il y avait quelques différences dans les informations génomiques et les relations phylogénétiques parmi L. pontis provenant de différentes sources. Une analyse des résultats d'annotation a identifié des différences dans les gènes fonctionnels, les enzymes actives sur les glucides et les bactériocines parmi les différentes souches isolées, qui étaient liées à l'environnement. L. pontis était riche en glycotransférases, surtout dans les souches isolées de lait fermenté, indiquant qu'elles avaient de plus grandes capacités de synthèse de sucre. Il convient de mentionner que seules les souches de L. pontis isolées dans notre laboratoire ont identifié l'opéron de bactériocine, ce qui pourrait augmenter son potentiel d'application. Les caractéristiques génomiques et le processus évolutif de L. pontis ont été analysés par la génomique comparative, et cette étude a exploré les différences dans les gènes fonctionnels entre les souches, visant à fournir de nouvelles perspectives sur les caractéristiques génétiques et les adaptations spécifiques au niche de L. pontis.