Phasengesteuerte Chromosomen-große Genomassemblierung eines asexuellen, allopolyploiden Wurzelgallen-nematoden offenbart eine komplexe subgenomische Struktur

Wir präsentieren die Chromosomen-große Genomassemblierung des allopolyploiden Wurzelgallen-nematoden Meloidogyne javanica. Wir zeigen, dass das Genom von M. javanica überwiegend allotetraploid ist und aus zwei Subgenomen, A und B, besteht, die höchstwahrscheinlich aus der Hybridisierung von zwei stammesgeschichtlichen Elterntaxa stammen. Die Assemblierung wurde unter Verwendung von voll-ständigen, nicht-chimerischen Transkripten, dem Vergleich mit Referenzdatenbanken und ab initio Vorhersagetechniken annotiert, und die Subgenome wurden durch Analyse der ancestralen k-mer Spektren phasengesteuert. Subgenom B scheint eine Spaltung von chromosomalen Contigs zu zeigen, und während erhebliche Syntenie zwischen den Subgenomen besteht, identifizierten wir auch Regionen ohne Syntenie, die möglicherweise in den stammesgeschichtlichen Genomen vor oder nach der Hybridisierung divergierten. Diese annotierte und phasierte Genomassemblierung bildet eine bedeutende Ressource zum Verständnis der Ursprünge und Genetik dieser global wichtigen Pflanzenpathogene.