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La recherche sur les structures et fonctions de l'acide ribonucléique (ARN) bénéficie d'outils faciles à utiliser pour la prédiction computationnelle et l'analyse des structures tridimensionnelles (3D) de l'ARN. La version 2.0 du serveur SimRNAweb offre une plateforme améliorée et conviviale pour la prédiction de la structure 3D de l'ARN et l'analyse des trajectoires de repliement de l'ARN basée sur la méthode SimRNA. SimRNA utilise un modèle à degrés de liberté grossiers, l'échantillonnage de Monte Carlo et des potentiels statistiques pour explorer l'espace conformationnel de l'ARN, guidé en option par des contraintes spatiales. Reconnu pour sa précision dans la prédiction de la structure 3D de l'ARN lors des compétitions RNA-Puzzles et CASP, SimRNA est particulièrement utile pour incorporer des contraintes basées sur des données expérimentales. La nouvelle version du serveur introduit des optimisations de performance et étend le contrôle de l'utilisateur sur les simulations et le traitement des résultats. Elle permet l'application de diverses contraintes dures et molles, s'adaptant à des structures alternatives impliquant des paires de bases canoniques et non canoniques et des résidus non appariés, tout en intégrant également des données provenant de méthodes de sondage chimique. Les fonctionnalités améliorées incluent une analyse améliorée des trajectoires de repliement, offrant des options de regroupement avancées et plusieurs analyses des trajectoires générées. Ces mises à jour fournissent des outils complets pour une analyse détaillée de la structure de l'ARN. SimRNAweb v2.0 élargit considérablement le champ de la modélisation de l'ARN, mettant l'accent sur la flexibilité et le contrôle des paramètres défini par l'utilisateur. Le serveur web est disponible à l'adresse https://genesilico.pl/SimRNAweb.
Moafinejad et al. (Mon,) ont étudié cette question.