Structure de population et répartition spatiale de Mycobacterium tuberculosis en Éthiopie

L'Éthiopie est l'un des pays avec une forte charge de tuberculose (TB), mais peu de choses sont connues sur la répartition spatiale des lignées de Mycobacterium tuberculosis (Mtb). Cette étude identifie le spoligotyping de 1735 isolats de Mtb archivés provenant de l'Enquête nationale sur la résistance aux médicaments, collectés entre novembre 2011 et juin 2013, pour étudier la structure de population et la répartition spatiale de Mtb. Les types internationaux de spoligotype (SIT) et les lignées ont été récupérés à partir de bases de données en ligne. La distribution des lignées a été évaluée en utilisant le test exact de Fisher et des modèles de régression logistique. L'Indice global de Moran et la statistique Getis-Ord Gi ont été utilisés pour identifier les zones à forte incidence. Nos résultats ont montré que les spoligotypes pouvaient être interprétés et ont conduit à 4 lignées et 283 motifs de spoligotype dans 91 % des isolats, y compris 4 % de ceux avec une résistance aux médicaments/rifampicine (MDR/RR) TB. Les lignées de Mtb identifiées étaient la lignée 1 (1,8 %), la lignée 3 (25,9 %), la lignée 4 (70,6 %) et la lignée 7 (1,6 %). La proportion des lignées 3 et 4 variait selon les régions, la lignée 3 étant significativement plus élevée que la lignée 4 dans les rapports de Gambella (AOR = 4,37, P < 0,001) et du Tigré (AOR = 3,44, P = 0,001), tandis que la lignée 4 était significativement plus élevée dans la région des Nations, nationalités et peuples du Sud (AOR = 1,97, P = 0,026) que la lignée 3. Les foyers pour la lignée 1 étaient situés dans l'est de l'Éthiopie, tandis qu'un foyer de lignée 7 a été identifié dans le nord et l'ouest de l'Éthiopie. Les cinq spoligotypes prévalents, qui étaient SIT149, SIT53, SIT25, SIT37 et SIT26, représentent 42,8 % de tous les isolats étudiés, tandis que SIT149, SIT53 et SIT21 représentent 52-57,8 % des cas de TB résistante aux médicaments. La TB et la TB résistante aux médicaments sont principalement causées par les lignées 3 et 4, et des proportions significatives des spoligotypes prévalents influencent également la TB résistante aux médicaments et le fardeau total de la TB. Les variations régionales des lignées peuvent résulter à la fois d'une propagation locale et transfrontalière.