Die isolierten und charakterisierten Darmphagen bleiben selten. Die meisten der bisher isolierten und propagierten Darmphagen sind lysephagen, was bedeutende Lücken in der Studie der temperierten Darmphagen hinterlässt. In dieser Studie haben wir erfolgreich eine groß angelegte Sammlung von Darmbakterien und -phagen isoliert, die 1.679 Bakterienstämme aus 86 Arten und 79 Phagen enthält, die Bakterien aus 26 verschiedenen Arten infizieren. Von den Phagenisolaten sind 32 temperierte Phagen und zwei dieser temperierten Phagen wurden direkt aus Stuhlproben gesunder menschlicher Spender isoliert. Sequenzvergleiche und Analysen zeigen, dass die isolierten temperierten Phagen durch hochgradig unterschiedliche Genome und eine signifikant höhere Prävalenz im menschlichen Darm im Vergleich zu diesen charakterisierten lysephagen gekennzeichnet sind. Weitere Analysen zeigen, dass die meisten dieser temperierten Phagen einzigartige Diversitäts-generierende Retroelemente (DGRs) enthalten und möglicherweise ein breites Wirtsspektrum haben. Darüber hinaus haben wir durch die Kombination von Sequenz- und Strukturähnlichkeiten eine Pipeline entwickelt, die die Annotationsrate unserer Darmphagen-Genome erheblich steigern kann. Die Annotationspipeline hilft, eine Kandidaten-Phagenfamilie, "Bacteroiduroviridae", zu identifizieren, die sich früh im Evolutionsprozess von anderen Bakteriophagen divergierte.
Liu et al. (Tue,) haben diese Frage untersucht.