跨宏基因组分类器的整合分析：Integrative Longevity Omics Study 中衰老与长寿肠道微生物群的案例研究

目前存在多种经过充分验证的用于鸟枪法宏基因组数据分析的分类器，其中两种流行的方法——MetaPhlAn（基于标记基因）和 Kraken（基于 k-mer）处于许多研究的前沿。尽管分类方法之间存在差异，且学界呼吁开发共识方法，但大多数针对微生物群研究的鸟枪法宏基因组数据分析仍仅使用单一的分类器。在本研究中，我们比较了两种广泛使用的分类器 MetaPhlAn4 和 Kraken2 的推断结果，这些分类器应用于 Integrative Longevity Omics study 参与者的粪便宏基因组样本，以测量分类多样性和相对丰度与年龄的关联，并在一个独立队列中重复了分析。我们还引入了共识和荟萃分析方法，以比较并整合来自多个分类器的结果。虽然许多结果在两种分类器之间是一致的，但我们发现了特定于分类器的推断结果，若单独使用一种分类器则会遗漏这些结果。两种分类器在不同队列中均捕捉到了相似的与年龄相关的多样性变化，而物种 alpha 多样性的变异性则由分类器之间的差异所驱动。当在跨分类器中使用相关荟萃分析方法（AdjMaxP）时，差异丰度分析捕捉到了更多与年龄相关的类群，包括在不同队列中与年龄稳健相关的 17 个类群。本研究强调了采用多个分类器的价值，并推荐了有助于整合来自多种方法学结果的新途径。