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The study aims to detail the binding specificity of PDZ domains using a knob-socket model.

February 21, 2026

BPS2026 – Aménagement d'une interface de liaison : Une description par bouton-socket de la spécificité des ligands peptidiques du domaine PDZ

Key Points

The study aims to detail the binding specificity of PDZ domains using a knob-socket model.
Developed a knob-socket model based on PDZ-peptide crystal structures
Identified four binding regions: cap, shirt, jacket, and sock
Investigated pairwise interactions within these regions
Showed that the shirt and jacket regions are critical for binding specificity
Revealed that amino-acid composition in sockets influences binding interactions
Demonstrated the role of the sock region in stabilizing peptide N-terminus

Abstract

Les domaines PDZ (PSD-95/Discs-large/ZO1) sont des domaines protéiques importants impliqués dans de nombreux processus biologiques. Ils se définissent par leur capacité à lier des régions C-terminales spécifiques pour former des complexes fonctionnels. La compréhension actuelle du lien implique des ensembles d'interactions par paires dans les 2 brins β contigus 2 et 3, 2 régions enroulées flanquant le brin β 2, et l'hélice α 2. Pour inclure les interactions d'emballage multibody ainsi qu'une description plus intuitive de la liaison et de la spécificité, un modèle basé sur une analyse bouton-socket (KS) des structures cristallines péptidiques PDZ a été développé en s'inspirant librement d'un regroupement

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