La déficience en haplotypes homozygotes révèle des variants létaux récessifs affectant la fertilité et la viabilité du cheval frison

Les allèles létaux récessifs provoquant la mort pré- ou postnatale chez des animaux mutants homozygotes pourraient conduire à une réduction du succès de fertilité. La race de cheval frison présente des signes de fertilité réduite et a connu des taux de consanguinité élevés dans le passé (∆F > 1 %). En conséquence, par dérive génétique, des allèles létaux ont pu atteindre des fréquences modérées à élevées dans la population. Notre objectif était d'identifier les allèles létaux récessifs qui - lorsqu'ils sont homozygotes - peuvent causer la mort pré- ou postnatale chez le cheval frison. Nous avons analysé les génotypes (70 K SNP) de plus de 8 000 chevaux frisons, à la recherche d'haplotypes avec une déficience homozygote, et avons utilisé les données de séquence disponibles de 50 étalons frisons pour identifier la variante causale probable. Un déficit chez les animaux homozygotes suggère un allèle létal, car les individus héritant de deux copies d'un tel allèle meurent probablement avant la naissance ou meurent avant d'être génotypés, créant un déséquilibre détectable dans les fréquences génotypiques. Nous avons trouvé dix haplotypes candidats chez le cheval frison avec des fréquences de porteurs variant de 8,0 à 22,1 %. Nous avons identifié des variantes causales candidates de six haplotypes, dont deux étaient associées aux troubles génétiques déjà connus que sont le nanisme et l'hydrocéphalie. Les autres variantes candidates étaient une délétion de 261 paires de bases affectant plusieurs ARN non codants et une délétion par décalage du cadre de lecture de 14 paires de bases dans le gène MET. Trois haplotypes en LD comprenaient la délétion dans MET et étaient associés à une réduction de 25 % (P < 0,001) du succès de l'insémination lors des accouplements à risque, probablement causée par une létalité embryonnaire précoce. En général, compte tenu des caractéristiques de population des races de chevaux domestiques, nous recommandons fortement de réaliser de telles analyses dans d'autres races de chevaux en utilisant les données de génotypage de plus en plus disponibles. De telles analyses pourraient apporter une contribution importante à l'amélioration des taux de fertilité dans les populations de chevaux.