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Dieser Artikel beschreibt die Software-Suite GROMACS (Groningen MAchine for Chemical Simulation), die in den frühen 1990er Jahren an der Universität Groningen in den Niederlanden entwickelt wurde. Die Software, die in ANSI C geschrieben ist, stammt aus einem parallelen Hardwareprojekt und eignet sich gut für die Parallelisierung auf Prozessorclustern. Durch sorgfältige Optimierung der Nachbarschaftssuche und der Leistung der inneren Schleifen ist GROMACS ein sehr schnelles Programm für molekulare Dynamiksimulationen. Es hat kein eigenes Kraftfeld, ist jedoch mit den Kraftfeldern GROMOS, OPLS, AMBER und ENCAD kompatibel. Darüber hinaus kann es polarisierbare Hüllmodelle und flexible Einschränkungen handhaben. Das Programm ist vielseitig, da der Benutzer Kraft-Routinen hinzufügen, tabellierte Funktionen angeben und Analysen leicht anpassen kann. Nichtgleichgewichts-Dynamik und Bestimmungen der freien Energie sind integriert. Schnittstellen zu beliebten quantenchemischen Paketen (MOPAC, GAMES-UK, GAUSSIAN) werden bereitgestellt, um gemischte MM/QM-Simulationen durchzuführen. Das Paket umfasst etwa 100 Dienstprogramme und Analyseprogramme. GROMACS ist gemeinfrei und wird (mit Quellcode und Dokumentation) unter der GNU General Public License verteilt. Es wird von einer Gruppe von Entwicklern der Universitäten Groningen, Uppsala und Stockholm sowie des Max-Planck-Instituts für Polymerforschung in Mainz betreut. Die Website ist http://www.gromacs.org.
Spoel et al. (Thu,) haben diese Frage untersucht.