Der GeneMANIA-Vorhersageserver: Integration biologischer Netzwerke zur Priorisierung von Genen und Vorhersage der Genfunktion

GeneMANIA (http://www.genemania.org) ist eine flexible, benutzerfreundliche Webschnittstelle zur Generierung von Hypothesen über die Genfunktion, zur Analyse von Genlisten und zur Priorisierung von Genen für funktionale Tests. Gegeben eine Abfragerliste erweitert GeneMANIA die Liste um funktional ähnliche Gene, die es anhand verfügbarer Genom- und Proteomdaten identifiziert. GeneMANIA berichtet auch von Gewichtungen, die den prädiktiven Wert jedes ausgewählten Datensatzes für die Abfrage anzeigen. Derzeit werden sechs Organismen unterstützt (Arabidopsis thaliana, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogaster, Mus musculus, Homo sapiens und Saccharomyces cerevisiae), und hunderte von Datensätzen wurden aus GEO, BioGRID, Pathway Commons und I2D sowie organismenspezifischen funktionalen Genomdatensätzen gesammelt. Benutzer können beliebige Teilmengen der mit einem Organismus verbundenen Datensätze auswählen, um ihre Analysen durchzuführen, und ihre eigenen Datensätze hochladen, um sie zu analysieren. Der GeneMANIA-Algorithmus schneidet bei Benchmarks für Hefe und Maus gleich gut oder besser ab als andere Methoden zur Vorhersage der Genfunktion. Die hohe Genauigkeit des GeneMANIA-Vorhersagealgorithmus, eine intuitive Benutzeroberfläche und eine große Datenbank machen GeneMANIA zu einem nützlichen Werkzeug für jeden Biologen.