PISCES: um servidor de seleção de sequências de proteínas

PISCES é um servidor público para a seleção de conjuntos de sequências de proteínas do Protein Data Bank (PDB) com base em critérios de identidade de sequência e qualidade estrutural. O PISCES pode fornecer listas selecionadas de todo o PDB ou de listas de entradas ou cadeias do PDB fornecidas pelo usuário. As identidades de sequência são obtidas a partir de alinhamentos PSI-BLAST com matrizes de substituição específicas de posição derivadas do banco de dados de sequências de proteínas não redundantes. Portanto, o PISCES fornece listas melhores do que servidores que utilizam BLAST, que não consegue identificar muitas relações abaixo de 40% de identidade de sequência e frequentemente superestima a identidade de sequência ao alinhar apenas fragmentos bem conservados. As sequências do PDB são atualizadas semanalmente. O PISCES também pode selecionar sequências não-PDB fornecidas pelo usuário na forma de uma lista de identificadores do GenBank, um arquivo em formato FASTA ou saída do BLAST/PSI-BLAST.