Évaluation des ensembles de données de spectrométrie de masse par purification d'affinité à grande échelle avec MiST

Les expériences de spectrométrie de masse par purification d'affinité à haut débit (AP-MS) peuvent identifier un grand nombre d'interactions protéiques, mais seule une fraction de ces interactions est biologiquement pertinente. Ici, nous décrivons une stratégie computationnelle complète pour traiter les données brutes d'AP-MS, effectuer des contrôles de qualité et prioriser les paires appât-proie biologiquement pertinentes dans un ensemble d'expériences AP-MS répliquées avec les statistiques d'interaction par spectrométrie de masse (MiST). Le score MiST est une combinaison linéaire de la quantité de proie (abondance), de l'invariabilité de l'abondance à travers des expériences répétées (reproductibilité) et de l'unicité de la proie par rapport à d'autres appâts (spécificité). Nous décrivons comment exécuter l'intégralité du pipeline d'analyse MiST dans un environnement R et discutons d'un certain nombre d'options configurables qui permettent à l'utilisateur lambda de convertir n'importe quelle donnée AP-MS à grande échelle en un réseau d'interaction protéine-protéine interprétable et biologiquement pertinent.