La normalisation fonctionnelle des données du tableau de méthylation 450k améliore la réplication dans de grandes études sur le cancer

Nous proposons une extension à la normalisation par quantiles qui élimine la variation technique indésirable en utilisant des sondes de contrôle. Nous adaptons notre algorithme, la normalisation fonctionnelle, au tableau de méthylation Illumina 450k et abordons le problème ouvert de la normalisation des données de méthylation avec des changements épigénétiques globaux, tels que les cancers humains. En utilisant des ensembles de données provenant de The Cancer Genome Atlas et d'une grande étude cas-témoin, nous montrons que notre algorithme surpasse toutes les méthodes de normalisation existantes en ce qui concerne la réplication des résultats entre les expériences, et produit des résultats robustes même en présence d'effets de lot. La normalisation fonctionnelle peut être appliquée à toute plateforme de microarray, à condition que des sondes de contrôle appropriées soient disponibles.