PlutoF—eine webbasierte Arbeitsumgebung für ökologische und taxonomische Forschung mit einer Online-Implementierung für pilzliche ITS-Sequenzen

DNA-Sequenzen, die in den International Nucleotide Sequence Databases (INSD) ansammeln, bilden eine reiche Informationsquelle für taxonomische und ökologische Meta-Analysen. Diese Datenbanken enthalten jedoch viele fehlerhafte Einträge, und die Daten selbst sind schlecht mit Metadaten annotiert, was es schwierig macht, Einträge von Interesse mit einem gewissen Grad an Präzision zu identifizieren und zu extrahieren. Hier beschreiben wir die webbasierte Arbeitsumgebung PlutoF, die entwickelt wurde, um die Lücke zwischen den Bedürfnissen der zeitgenössischen Forschung in der Biologie und den bestehenden Software-Ressourcen und Datenbanken zu schließen. PlutoF, das auf einer relationalen Datenbank basiert, ermöglicht schnellen Zugriff und die Fernübermittlung, Abruf und Analyse von Studien-, Proben- und Sequenzdaten in den INSD sowie für private Datensätze über webbasierte Thin Clients. Im Gegensatz zu INSD unterstützt PlutoF international standardisierte Terminologie, um sehr spezifische Annotationen und Verlinkungen von interagierenden Proben und Arten zu ermöglichen. Das Sequenzanalysemodule ist optimiert für die Identifizierung und Analyse von Umwelt-ITS-Sequenzen von Pilzen, kann jedoch modifiziert werden, um mit jedem genetischen Marker und jeder Gruppe von Organismen zu arbeiten. Die Arbeitsumgebung ist verfügbar unter http://plutof.ut.ee.